Asamblea Nacional: Se reúne cada dos años y es la máxima instancia de decisión de las políticas de REDEPAZ. En las Asambleas Nacionales se deciden los ejes políticos centrales del trabajo de REDEPAZ, los planes de acción para cada dos años y se elige el Comité Ejecutivo Nacional. Esta compuesto por delegados de todos los miembros inscritos en la mesa de trabajo por la paz, de organizaciones, sectores sociales y personas que hacen parte de REDEPAZ.

Encuentro de Coordinación Nacional: Se reúne semestralmente. Es un equipo de trabajo compuesto por cada uno de los representantes de cada Mesa de Trabajo por la Paz que hay en el país, las organizaciones que desarrollan trabajo en más de tres localidades y personas que hacen parte de REDEPAZ. Se encarga de diseñar estrategias tendientes a operativizar las decisiones tomadas en el Encuentro Nacional.

Comité Ejecutivo Nacional: Es un equipo de Coordinación y orientación política Nacional, elegido democráticamente en el Encuentro Nacional. Se encarga de diseñar y ejecutar las estrategias y las tareas de carácter nacional, sus responsabilidades se encuentran divididas en cuatro áreas de trabajo y dos estrategias transversales: área de agenda de paz y relaciones internacionales; área de protección de la población civil, Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario; área de organización y juventud; área de territorialidad para la paz; estrategia de comunicaciones; estrategia de pedagogía y cultura de paz. El comité ejecutivo cuenta en su seno con dos vocerías nacionales y la Coordinación Nacional que vela por el cabal funcionamiento de todas las estructuras propias.

Comité de Veeduría: Es el órgano de seguimiento que vela por la transparencia, responsabilidad y eficacia para el desarrollo de las políticas definidas por el Encuentro Nacional y cumple labores de conciliación y mediación al interior de toda REDEPAZ.